Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:
- i -
- id
: pwiz::eharmony::IslandizedDatabase::Island
, pwiz::eharmony::PeptideID_dataFetcher
, pwiz::cv::CVTermInfo
, pwiz::identdata::Identifiable
, pwiz::msdata::SourceFile
, pwiz::msdata::mz5::InstrumentConfigurationMZ5
, pwiz::msdata::mz5::DataProcessingMZ5
, pwiz::msdata::Sample
, pwiz::msdata::mz5::ChromatogramMZ5
, pwiz::msdata::mz5::SpectrumMZ5
, pwiz::identdata::IdentifiableParamContainer
, pwiz::msdata::Software
, pwiz::msdata::mz5::RunMZ5
, pwiz::msdata::SpectrumInfo
, pwiz::msdata::ScanSettings
, pwiz::proteome::Protein
, pwiz::proteome::ProteomeData
, pwiz::data::Index::Entry
, pwiz::identdata::MassTable
, pwiz::msdata::InstrumentConfiguration
, pwiz::tradata::Contact
, pwiz::tradata::Publication
, pwiz::msdata::DataProcessing
, pwiz::tradata::Software
, pwiz::tradata::Instrument
, pwiz::identdata::id_p< T >
, pwiz::msdata::SpectrumIdentity
, pwiz::tradata::Protein
, pwiz::tradata::Peptide
, pwiz::msdata::ChromatogramIdentity
, pwiz::tradata::Compound
, pwiz::tradata::Transition
, pwiz::cv::CV
, pwiz::data::Term
, pwiz::identdata::software_p
, pwiz::msdata::Run
, pwiz::tradata::Target
, pwiz::tradata::TraData
, pwiz::msdata::MSData
, pwiz::proteome::IPIFASTADatabase::Record
, pwiz::analysis::analyzer_strings< MetadataReporter >
, pwiz::data::pepxml::AnalysisTimestamp
, pwiz::msdata::mz5::ContVocabMZ5Data
, pwiz::analysis::analyzer_strings< analyzer_type >
, pwiz::analysis::analyzer_strings< Pseudo2DGel >
, pwiz::msdata::mz5::ParamGroupMZ5
, pwiz::analysis::analyzer_strings< RegionSIC >
, pwiz::analysis::analyzer_strings< RegionSlice >
, pwiz::data::ParamGroup
, pwiz::data::peakdata::Peak
, pwiz::msdata::mz5::SourceFileMZ5
, pwiz::analysis::analyzer_strings< RegionTIC >
, pwiz::analysis::analyzer_strings< RunSummary >
, pwiz::msdata::mz5::SampleMZ5
, pwiz::analysis::analyzer_strings< SpectrumBinaryData >
, pwiz::analysis::analyzer_strings< SpectrumTable >
, pwiz::data::peakdata::Feature
, pwiz::msdata::mz5::SoftwareMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ScanSettingMZ5
- id_
: pwiz::data::diff_impl::HasID< object_type >
- id_ipi
: pwiz::proteome::PeptideDatabaseRecord
- id_list
: pwiz::cv::CVTermInfo
, pwiz::data::Term
- id_p()
: pwiz::identdata::id_p< T >
- id_score
: pwiz::analysis::PepxmlRecordReader::record
- id_type
: pwiz::data::Term
- IdentData()
: pwiz::identdata::IdentData
- IdentDataFile()
: pwiz::identdata::IdentDataFile
- Identifiable()
: pwiz::identdata::Identifiable
- IdentifiableParamContainer()
: pwiz::identdata::IdentifiableParamContainer
- identify()
: pwiz::identdata::DelimReader
, pwiz::identdata::MascotReader
, pwiz::identdata::Reader
, pwiz::identdata::ReaderList
, Reader1
, Reader2
, pwiz::msdata::Reader_mzML
, pwiz::msdata::Reader_mzXML
, pwiz::msdata::Reader_MGF
, pwiz::msdata::Reader_MSn
, pwiz::msdata::Reader_BTDX
, pwiz::msdata::Reader_mz5
, TestReader
, pwiz::msdata::Reader
, pwiz::msdata::ReaderList
, Reader1
, Reader2
, TestReader
, pwiz::proteome::Reader
, pwiz::proteome::ReaderList
, pwiz::proteome::Reader_FASTA
, Reader1
, Reader2
, pwiz::tradata::Reader
, pwiz::tradata::ReaderList
, Reader1
, Reader2
, pwiz::msdata::Reader_ABI
, pwiz::msdata::Reader_ABI_T2D
, pwiz::msdata::Reader_Agilent
, pwiz::msdata::Reader_Bruker
, pwiz::msdata::Reader_Thermo
, pwiz::msdata::Reader_Waters
- IdField
: pwiz::identdata::Serializer_Text
- idSet_
: pwiz::analysis::ProteinList_FilterPredicate_IdSet
- ignoreChromatograms
: pwiz::msdata::DiffConfig
- ignoreDataProcessing
: pwiz::msdata::DiffConfig
- ignoreIdentity
: pwiz::msdata::DiffConfig
- ignoreMetadata
: pwiz::msdata::DiffConfig
, pwiz::proteome::DiffConfig
- ignoreSequenceCollectionAndAnalysisData
: pwiz::identdata::Reader::Config
- ignoreSpectra
: pwiz::msdata::DiffConfig
- ignoreVersions
: pwiz::data::BaseDiffConfig
- il
: pwiz::util::mru_list< Item, KeyExtractor >
- imaginary
: TestDatum
- impl_
: pwiz::analysis::ProteinList_Filter
, pwiz::analysis::PrecursorMassFilter
, pwiz::analysis::PrecursorRecalculatorDefault
, pwiz::analysis::SpectrumList_Filter
, pwiz::analysis::SpectrumList_PrecursorRecalculator
, pwiz::analysis::SpectrumList_PrecursorRefine
, pwiz::analysis::SpectrumList_Sorter
, pwiz::data::BinaryIndexStream
, pwiz::data::CVTranslator
, pwiz::data::MemoryIndex
, pwiz::identdata::Serializer_Text
, pwiz::data::FrequencyData
, pwiz::msdata::BinaryDataEncoder
, pwiz::msdata::Index_mzML
, pwiz::msdata::LegacyAdapter_Instrument
, pwiz::msdata::LegacyAdapter_Software
, pwiz::msdata::RAMPAdapter
, pwiz::msdata::Serializer_MGF
, pwiz::msdata::Serializer_MSn
, pwiz::msdata::Serializer_mz5
, pwiz::msdata::Serializer_mzML
, pwiz::msdata::Serializer_mzXML
, pwiz::msdata::SpectrumIterator
, pwiz::proteome::Digestion::const_iterator
, pwiz::proteome::Digestion
, pwiz::proteome::Modification
, pwiz::proteome::ModificationMap
, pwiz::proteome::Peptide
, pwiz::proteome::Fragmentation
, pwiz::chemistry::Formula
, pwiz::chemistry::IsotopeCalculator
, pwiz::chemistry::IsotopeEnvelopeEstimator
, pwiz::chemistry::IsotopeTable
, pwiz::math::Stats
, pwiz::minimxml::XMLWriter
, pwiz::util::IterationListenerRegistry
, pwiz::util::SHA1Calculator
, pwiz::proteome::IPIFASTADatabase
, pwiz::analysis::SavitzkyGolaySmoother< T >
, pwiz::frequency::TruncatedLorentzian
, pwiz::analysis::MSDataCache
, pwiz::analysis::Pseudo2DGel
, pwiz::analysis::RegionAnalyzer
, pwiz::analysis::PeakFamilyDetectorFT
, pwiz::analysis::ProteinList_DecoyGenerator
, pwiz::analysis::ProteinList_DecoyGeneratorPredicate_Shuffled
- include
: pwiz::identdata::Filter
- increment()
: pwiz::peptideid::PeptideID::IteratorInternal
, pwiz::peptideid::PeptideID::Iterator
- indent_
: pwiz::identdata::TextWriter
, pwiz::msdata::TextWriter
, pwiz::proteome::TextWriter
, pwiz::tradata::TextWriter
- indentationStep
: pwiz::minimxml::XMLWriter::Config
- independent
: pwiz::identdata::Enzymes
, pwiz::data::pepxml::SampleEnzyme
- index
: SimpleAnalyzer
, pwiz::analysis::PepxmlRecordReader::record
, pwiz::data::Index::Entry
, pwiz::identdata::IonType
, pwiz::data::pepxml::SpectrumQuery
, pwiz::data::peakdata::Scan
, pwiz::msdata::SpectrumIdentity
, pwiz::msdata::ChromatogramIdentity
, TestSpectrumInfo
, pwiz::msdata::mz5::ChromatogramMZ5
, pwiz::msdata::mz5::SpectrumMZ5
, pwiz::msdata::SpectrumInfo::PrecursorInfo
, pwiz::msdata::SpectrumInfo
, pwiz::proteome::Protein
, pwiz::minimxml::SAXParser::Handler::Attributes
, pwiz::msdata::RAMPAdapter
, pwiz_RAMPAdapter
- index_end
: pwiz::minimxml::SAXParser::Handler::Attributes
- Index_mzML()
: pwiz::msdata::Index_mzML
- index_not_found()
: pwiz::msdata::SpectrumList_mzXML::index_not_found
- indexApex
: pwiz::analysis::RegionAnalyzer::Stats
- indexed
: pwiz::msdata::MSDataFile::WriteConfig
, pwiz::msdata::Serializer_mzML::Config
, pwiz::msdata::Serializer_mzXML::Config
, pwiz::proteome::ProteomeDataFile::WriteConfig
, pwiz::proteome::Reader_FASTA::Config
- indexPtr
: pwiz::proteome::Serializer_FASTA::Config
- indexRange
: pwiz::analysis::RegionAnalyzer::Config
- indexSet_
: pwiz::analysis::ProteinList_FilterPredicate_IndexSet
, pwiz::analysis::SpectrumList_FilterPredicate_IndexSet
- indices()
: TestIterationListener_WithCancel
, TestIterationListener
- indices_
: TestIterationListener
, TestIterationListener_WithCancel
- indx()
: LU
- indx_
: LU
- init()
: pwiz::msdata::mz5::ChromatogramMZ5
, pwiz::msdata::mz5::SpectrumMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ProcessingMethodListMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ParamListMZ5
, pwiz::msdata::mz5::SoftwareMZ5
, pwiz::msdata::mz5::CVRefMZ5
, pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
, pwiz::msdata::mz5::FileInformationMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ContVocabMZ5
, pwiz::msdata::mz5::UserParamMZ5
, pwiz::msdata::mz5::CVParamMZ5
, pwiz::msdata::mz5::RefListMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ParamGroupMZ5
, pwiz::msdata::mz5::SourceFileMZ5
, pwiz::msdata::mz5::SampleMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ParamListsMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ScanSettingMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ComponentMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ComponentListMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ComponentsMZ5
, pwiz::msdata::mz5::InstrumentConfigurationMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ProcessingMethodMZ5
, pwiz::msdata::mz5::DataProcessingMZ5
, pwiz::msdata::mz5::PrecursorMZ5
, pwiz::msdata::mz5::PrecursorListMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ScanMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ScanListMZ5
, pwiz::msdata::mz5::ScansMZ5
, pwiz::msdata::mz5::RunMZ5
, pwiz::msdata::mz5::BinaryDataMZ5
, pwiz::minimxml::SAXParser::saxstring
- initial
: pwiz::calibration::CalibratorTrial::Results
- initialErrorEstimate
: pwiz::calibration::CalibratorTrial::Configuration
- initialEstimate()
: pwiz::frequency::TruncatedLorentzianEstimator
- initialize()
: pwiz::math::Random
, pwiz::util::COMInitializer
- initialStyle
: pwiz::minimxml::XMLWriter::Config
- inner_
: pwiz::proteome::ProteinListWrapper
, pwiz::analysis::ChromatogramListWrapper
, pwiz::msdata::SpectrumListWrapper
- inputActivationTypeArray
: TestChargeStateCalculator
- inputChargeStateArray
: TestChargeStateCalculator
- inputFile
: pwiz::data::pepxml::PeptideProphetSummary
- inputIntensityArray
: TestMetadataFixer
, TestETDMassFilter
, TestThresholder
, TestDeisotoper
, TestMS2Denoise
, TestChargeStateCalculator
- inputMSDataPtrs_
: pwiz::msdata::MSDataMerger
- inputMZArray
: TestChargeStateCalculator
, TestETDMassFilter
, TestThresholder
, TestDeisotoper
, TestMS2Denoise
, TestMetadataFixer
- inputPrecursorMZ
: TestChargeStateCalculator
- inputs
: pwiz::identdata::DataCollection
- inputSpectra
: pwiz::identdata::SpectrumIdentification
- inputSpectrumIdentifications
: pwiz::identdata::ProteinDetection
- insert()
: pwiz::data::CVTranslator
, pwiz::util::IntegerSet
, pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc >
, pwiz::proteome::ModificationMap
, auto_vector< T >
, pwiz::eharmony::Matrix
, pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc >
, pwiz::util::IntegerSet
, pwiz::util::mru_list< Item, KeyExtractor >
, pwiz::util::IntegerSet
, pwiz::proteome::ModificationMap
, pwiz::util::virtual_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc >
- insertionCost
: pwiz::eharmony::EditDistance
- Instrument()
: pwiz::tradata::Instrument
- InstrumentConfiguration()
: pwiz::msdata::InstrumentConfiguration
, pwiz::msdata::mz5::Configuration_mz5
- InstrumentConfigurationMZ5()
: pwiz::msdata::mz5::InstrumentConfigurationMZ5
- instrumentConfigurationPtr
: pwiz::msdata::Scan
- instrumentConfigurationPtrs
: pwiz::msdata::MSData
- instrumentConfigurationRefID
: pwiz::msdata::mz5::ScanMZ5
- instrumentList_
: pwiz::msdata::mz5::ReferenceWrite_mz5
- instrumentMapping_
: pwiz::msdata::mz5::ReferenceWrite_mz5
- InstrumentModel
: pwiz::data::CalibrationParameters
- instrumentModel
: pwiz::data::CalibrationParameters
- instrumentPtr
: pwiz::tradata::Configuration
- instrumentPtrs
: pwiz::tradata::TraData
- integer()
: pwiz::math::Random
- IntegerSet()
: pwiz::util::IntegerSet
- intensity
: pwiz::analysis::PrecursorRecalculator::PrecursorInfo
, pwiz::msdata::MZIntensityPair
, TestSpectrumInfo
, pwiz::utility::MSIHandler::Record
, pwiz::msdata::TimeIntensityPair
, pwiz::msdata::SpectrumInfo::PrecursorInfo
, pwiz::data::peakdata::Peak
, Datum
, RawMassDatum
, pwiz::analysis::SpectrumList_PrecursorRefine::PrecursorInfo
- interpretAsScanNumbers
: pwiz::analysis::SpectrumBinaryData::Config
- interpretationList
: pwiz::tradata::Transition
- Interval()
: pwiz::util::IntegerSet::Interval
- intervalCount()
: pwiz::util::IntegerSet
- Intervals
: pwiz::util::IntegerSet
- intervals_
: pwiz::util::IntegerSet
- IO::HandlerIdentData
: pwiz::identdata::IdentData
- IO::HandlerMSData
: pwiz::msdata::MSData
- IO::HandlerTraData
: pwiz::tradata::TraData
- ionInjectionTime
: pwiz::msdata::SpectrumInfo
- ionisation()
: pwiz::msdata::LegacyAdapter_Instrument
, InstrumentStruct
, pwiz::msdata::LegacyAdapter_Instrument
- ionisationEnergy
: ScanHeaderStruct
- ionscore
: pwiz::analysis::PepxmlRecordReader::record
- IonType()
: pwiz::identdata::IonType
- IPIFASTADatabase()
: pwiz::proteome::IPIFASTADatabase
- is_open()
: pwiz::util::random_access_compressed_ifstream
- isDecoy
: pwiz::identdata::PeptideEvidence
- isDynamic
: TestModification
- IsFS()
: IsFS
- IsInt()
: IsInt
- Island()
: pwiz::eharmony::IslandizedDatabase::Island
- IslandizedDatabase()
: pwiz::eharmony::IslandizedDatabase
- islands
: pwiz::eharmony::IslandizedDatabase
- IsObject()
: pwiz::IsObject< T >
- isObsolete
: pwiz::data::Term
, pwiz::cv::CVTermInfo
- isolationWindow
: pwiz::msdata::Precursor
, pwiz::msdata::Product
, pwiz::msdata::mz5::PrecursorMZ5
- IsotopeCalculator()
: pwiz::chemistry::IsotopeCalculator
- isotopeCalculator
: pwiz::chemistry::IsotopeEnvelopeEstimator::Config
- isotopeEnvelope()
: pwiz::chemistry::IsotopeEnvelopeEstimator
- isotopeEnvelopeEstimator
: pwiz::frequency::PeakDetectorMatchedFilter::Config
- IsotopeEnvelopeEstimator()
: pwiz::chemistry::IsotopeEnvelopeEstimator
- isotopeMaxChargeState
: pwiz::frequency::PeakDetectorMatchedFilter::Config
- isotopeMaxNeutronCount
: pwiz::frequency::PeakDetectorMatchedFilter::Config
- isotopes
: pwiz::chemistry::Element::Info::Record
, pwiz::chemistry::detail::Element
- isotopesSize
: pwiz::chemistry::detail::Element
- IsotopeTable()
: pwiz::chemistry::IsotopeTable
- isotopeThresholdFactor
: pwiz::frequency::PeakDetectorMatchedFilter::Config
- isRejected
: pwiz::data::pepxml::SearchHit
- IsSQ()
: IsSQ
- issue
: pwiz::identdata::BibliographicReference
- isZoomScan
: pwiz::msdata::SpectrumInfo
- it_
: pwiz::util::IntegerSet::Iterator
- item_list
: pwiz::util::mru_list< Item, KeyExtractor >
- item_type
: pwiz::util::mru_list< Item, KeyExtractor >
- iterate()
: pwiz::calibration::ErrorEstimator
, pwiz::calibration::Calibrator
, pwiz::frequency::ParameterEstimator
- iteratedEstimate()
: pwiz::frequency::TruncatedLorentzianEstimator
- iterationCount()
: pwiz::calibration::Calibrator
, pwiz::frequency::FrequencyEstimatorPhysicalModel::Config
, pwiz::util::IterationListener::UpdateMessage
- iterationIndex
: pwiz::util::IterationListener::UpdateMessage
- IterationListenerRegistry()
: pwiz::util::IterationListenerRegistry
- iterationListenerRegistry
: pwiz::identdata::Reader::Config
- iterationsPerCallback()
: pwiz::analysis::MSDataAnalyzerDriver::ProgressCallback
, CancelProgressCallback
, SimpleProgressCallback
- iterator
: pwiz::util::shared_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc >
- Iterator()
: pwiz::util::IntegerSet::Iterator
- iterator
: pwiz::data::FrequencyData
, pwiz::util::virtual_map< keyT, valueT, _Pr, _Alloc >
- Iterator()
: pwiz::util::IntegerSet::Iterator
- iterator
: pwiz::analysis::PepxmlRecordReader
, pwiz::utility::VectorTabHandler
- Iterator()
: pwiz::peptideid::PeptideID::Iterator
- iterator
: pwiz::util::CharIndexedVector< T >
, auto_vector< T >
, pwiz::util::CharIndexedVectorConstIterator< T >
, pwiz::util::mru_list< Item, KeyExtractor >
, pwiz::proteome::PeptideDatabase
- Iterator()
: pwiz::peptideid::PeptideID::Iterator
- iterator
: pwiz::util::CharIndexedVectorIterator< T >
- iterator_category
: pwiz::proteome::Digestion::const_iterator
, pwiz::msdata::SpectrumIterator
, pwiz::util::IntegerSet::Iterator
, pwiz::util::CharIndexedVectorConstIterator< T >
, pwiz::util::CharIndexedVectorIterator< T >