ProteoWizard
Class Index
A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Z
  A  
Datum   MassSpread (pwiz::calibration)   ProteinDetectionHypothesis (pwiz::identdata)   software_p (pwiz::identdata)   
DBSequence (pwiz::identdata)   MassTable (pwiz::identdata)   ProteinDetectionList (pwiz::identdata)   SoftwareMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   
Activation (pwiz::msdata)   dbsequence_p (pwiz::identdata)   Match (pwiz::data::pepxml)   ProteinDetectionProtocol (pwiz::identdata)   SourceFile (pwiz::identdata)   
AdaptedErrorDerivative (pwiz::frequency::DerivativeTest)   DefaultArrayLengthSorter   MatchData (pwiz::data::pepxml)   ProteinList (pwiz::proteome)   SourceFile (pwiz::msdata)   
AdaptedErrorFunction (pwiz::frequency::DerivativeTest)   DefaultReaderList (pwiz::identdata)   Matcher (pwiz::eharmony)   ProteinList_DecoyGenerator (pwiz::analysis)   SourceFileMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   
AlternativeProtein (pwiz::data::pepxml)   DefaultReaderList (pwiz::tradata)   Matrix (pwiz::eharmony)   ProteinList_DecoyGeneratorPredicate_Reversed (pwiz::analysis)   Specificity (pwiz::data::pepxml)   
AmbiguousResidue (pwiz::identdata)   DefaultReaderList (pwiz::proteome)   Measure (pwiz::identdata)   ProteinList_DecoyGeneratorPredicate_Shuffled (pwiz::analysis)   SpectraData (pwiz::identdata)   
AminoAcidModification (pwiz::data::pepxml)   DefaultReaderList (pwiz::msdata)   Calibrator::Measurement (pwiz::calibration)   ProteinList_Filter (pwiz::analysis)   Spectrum (pwiz::msdata)   
AMTContainer (pwiz::eharmony)   DefaultTabHandler (pwiz::utility)   MemoryIndex (pwiz::data)   ProteinList_FilterPredicate_IdSet (pwiz::analysis)   SpectrumBinaryData (pwiz::analysis)   
AMTDatabase (pwiz::eharmony)   DeletePtr   MemoryMRUCache (pwiz::msdata)   ProteinList_FilterPredicate_IndexSet (pwiz::analysis)   SpectrumDataFilter (pwiz::analysis)   
AnalysisCollection (pwiz::identdata)   DelimReader (pwiz::identdata)   MetadataReporter (pwiz::analysis)   ProteinListCache (pwiz::proteome)   SpectrumIdentification (pwiz::identdata)   
AnalysisData (pwiz::identdata)   DelimWriter (pwiz::identdata)   MixtureModel (pwiz::data::pepxml)   ProteinListFactory (pwiz::analysis)   SpectrumIdentificationItem (pwiz::identdata)   
AnalysisProtocolCollection (pwiz::identdata)   Diff (pwiz::data)   ModAminoAcidMass (pwiz::data::pepxml)   ProteinListSimple (pwiz::proteome)   SpectrumIdentificationList (pwiz::identdata)   
AnalysisResult (pwiz::data::pepxml)   DiffConfig (pwiz::identdata)   Modification (pwiz::identdata)   ProteinListWrapper (pwiz::proteome)   SpectrumIdentificationProtocol (pwiz::identdata)   
AnalysisSampleCollection (pwiz::identdata)   DiffConfig (pwiz::tradata)   Modification (pwiz::tradata)   ProteomeData (pwiz::proteome)   SpectrumIdentificationResult (pwiz::identdata)   
AnalysisSoftware (pwiz::identdata)   DiffConfig (pwiz::proteome)   Modification (pwiz::proteome)   ProteomeDataFile (pwiz::proteome)   SpectrumIdentity (pwiz::msdata)   
AnalysisSummary (pwiz::data::pepxml)   DiffConfig (pwiz::msdata)   ModificationInfo (pwiz::data::pepxml)   Provider (pwiz::identdata)   SpectrumIdentityFromMzXML (pwiz::msdata)   
AnalysisTimestamp (pwiz::data::pepxml)   DigestedPeptide (pwiz::proteome)   ModificationList (pwiz::proteome)   Pseudo2DGel (pwiz::analysis)   SpectrumIdentityFromXML (pwiz::msdata)   
analyzer_strings (pwiz::analysis)   DigestedPeptideLessThan   ModificationMap (pwiz::proteome)   Publication (pwiz::tradata)   SpectrumInfo (pwiz::msdata)   
analyzer_strings< MetadataReporter > (pwiz::analysis)   Digestion (pwiz::proteome)   ModificationStateEntry (pwiz::eharmony)   pwiz_RAMPAdapter   SpectrumIterator (pwiz::msdata)   
analyzer_strings< Pseudo2DGel > (pwiz::analysis)   DistanceAttribute (pwiz::eharmony)   mru_list (pwiz::util)   
  Q  
SpectrumList (pwiz::msdata)   
analyzer_strings< RegionSIC > (pwiz::analysis)   DistributionPoint (pwiz::data::pepxml)   MS2Deisotoper (pwiz::analysis)   SpectrumList_ABI (pwiz::msdata::detail)   
analyzer_strings< RegionSlice > (pwiz::analysis)   
  E  
MS2NoiseFilter (pwiz::analysis)   Q3RatioResult (pwiz::data::pepxml)   SpectrumList_ABI_T2D (pwiz::msdata::detail)   
analyzer_strings< RegionTIC > (pwiz::analysis)   MSData (pwiz::msdata)   
  R  
SpectrumList_Agilent (pwiz::msdata::detail)   
analyzer_strings< RunSummary > (pwiz::analysis)   EditDistance (pwiz::eharmony)   MSDataAnalyzer (pwiz::analysis)   SpectrumList_Bruker (pwiz::msdata::detail)   
analyzer_strings< SpectrumBinaryData > (pwiz::analysis)   Element (pwiz::chemistry::detail)   MSDataAnalyzerContainer (pwiz::analysis)   RAMPAdapter (pwiz::msdata)   SpectrumList_BTDX (pwiz::msdata)   
analyzer_strings< SpectrumTable > (pwiz::analysis)   Index::Entry (pwiz::data)   MSDataAnalyzerDriver (pwiz::analysis)   RAMPFILE   SpectrumList_ChargeStateCalculator (pwiz::analysis)   
AnotherRootHandler   MassDatabase::Entry (pwiz::calibration)   MSDataCache (pwiz::analysis)   Random (pwiz::math)   SpectrumList_Filter (pwiz::analysis)   
Handler::Attributes::attribute (pwiz::minimxml::SAXParser)   EnzymaticSearchConstraint (pwiz::data::pepxml)   MSDataFile (pwiz::msdata)   random_access_compressed_ifstream (pwiz::util)   SpectrumList_FilterPredicate_ActivationType (pwiz::analysis)   
XMLWriter::Attributes (pwiz::minimxml)   Enzyme (pwiz::identdata)   MSDataMerger (pwiz::msdata)   RandomDistance (pwiz::eharmony)   SpectrumList_FilterPredicate_AnalyzerType (pwiz::analysis)   
Handler::Attributes (pwiz::minimxml::SAXParser)   EnzymePtr_missedCleavages   MSDataWithSettableVersion   RawMassDatum   SpectrumList_FilterPredicate_DefaultArrayLengthSet (pwiz::analysis)   
auto_vector::auto_lvalue   EnzymePtr_specificity   MSIAMTData (pwiz::eharmony)   Reader (pwiz::msdata)   SpectrumList_FilterPredicate_IndexSet (pwiz::analysis)   
auto_vector   Enzymes (pwiz::identdata)   MSIHandler (pwiz::utility)   Reader (pwiz::tradata)   SpectrumList_FilterPredicate_MSLevelSet (pwiz::analysis)   
  B  
ErrorEstimator (pwiz::calibration)   MSInspectRecordBuilder (pwiz::peptideid)   Reader (pwiz::proteome)   SpectrumList_FilterPredicate_Polarity (pwiz::analysis)   
ParametrizedFunction::ErrorFunction (pwiz::frequency)   MSLevelSorter   Reader (pwiz::identdata)   SpectrumList_FilterPredicate_PrecursorMzSet (pwiz::analysis)   
BadListener   ErrorPoint (pwiz::data::pepxml)   MSMSPipelineAnalysis (pwiz::data::pepxml)   Reader1   SpectrumList_FilterPredicate_ScanEventSet (pwiz::analysis)   
BaseDiffConfig (pwiz::data)   EvenMS2Predicate   MSMSRunSummary (pwiz::data::pepxml)   Reader2   SpectrumList_FilterPredicate_ScanNumberSet (pwiz::analysis)   
basic_charcounter (pwiz::minimxml)   EvenPredicate   MSnHeader (pwiz::msdata)   Reader_ABI (pwiz::msdata)   SpectrumList_FilterPredicate_ScanTimeRange (pwiz::analysis)   
BibliographicReference (pwiz::identdata)   EvenRequester   MyBase   Reader_ABI_T2D (pwiz::msdata)   SpectrumList_MetadataFixer (pwiz::analysis)   
Bin (pwiz)   Evidence (pwiz::tradata)   MyPred   Reader_Agilent (pwiz::msdata)   SpectrumList_MGF (pwiz::msdata)   
BinaryDataArray (pwiz::msdata)   Exporter (pwiz::eharmony)   MyWrapper   Reader_Bruker (pwiz::msdata)   SpectrumList_MSn (pwiz::msdata)   
BinaryDataEncoder (pwiz::msdata)   ExtendedReaderList (pwiz::msdata)   MZIntensityPair (pwiz::msdata)   Reader_BTDX (pwiz::msdata)   SpectrumList_mz5 (pwiz::msdata)   
BinaryDataMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   ExtraZeroSamplesFilter (pwiz::analysis)   mzrtEqual   Reader_FASTA (pwiz::proteome)   SpectrumList_mzML (pwiz::msdata)   
BinaryIndexStream (pwiz::data)   
  F  
MZRTField (pwiz::analysis)   Reader_MGF (pwiz::msdata)   SpectrumList_MZWindow (pwiz::analysis)   
  C  
MZTolerance (pwiz::chemistry)   Reader_MSn (pwiz::msdata)   SpectrumList_mzXML (pwiz::msdata)   
Feature (pwiz::data::peakdata)   
  N  
Reader_mz5 (pwiz::msdata)   SpectrumList_PeakFilter (pwiz::analysis)   
CalibrationParameters (pwiz::data)   Feature2PeptideMatcher (pwiz::eharmony)   Reader_mzML (pwiz::msdata)   SpectrumList_PeakPicker (pwiz::analysis)   
Calibrator (pwiz::calibration)   Feature_dataFetcher (pwiz::eharmony)   nativeID_less (pwiz::peptideid)   Reader_mzXML (pwiz::msdata)   SpectrumList_PrecursorRecalculator (pwiz::analysis)   
CalibratorLog (pwiz::calibration)   FeatureDetector (pwiz::analysis)   NeighborJoiner (pwiz::eharmony)   Reader_Thermo (pwiz::msdata)   SpectrumList_PrecursorRefine (pwiz::analysis)   
CalibratorTrial (pwiz::calibration)   FeatureDetectorPeakel (pwiz::analysis)   NestedHandler   Reader_Waters (pwiz::msdata)   SpectrumList_Smoother (pwiz::analysis)   
CancelListener   FeatureDetectorSimple (pwiz::analysis)   PeakFamilyDetectorFT::NoDataException (pwiz::analysis)   Reader2::ReaderConfig   SpectrumList_Sorter (pwiz::analysis)   
CancelProgressCallback   FeatureFile (pwiz::data::peakdata)   Noise (pwiz::analysis)   Reader1::ReaderConfig   SpectrumList_SorterPredicate_ScanStartTime (pwiz::analysis)   
basic_charcounter::category (pwiz::minimxml)   FeatureModeler (pwiz::analysis)   NoiseCalculator (pwiz::analysis)   ReaderFail (pwiz::identdata)   SpectrumList_Thermo (pwiz::msdata::detail)   
CharIndexedVector (pwiz::util)   FeatureModeler_Gaussian (pwiz::analysis)   NoiseCalculator_2Pass (pwiz::analysis)   ReaderFail (pwiz::tradata)   SpectrumList_TitleMaker (pwiz::analysis)   
CharIndexedVectorConstIterator (pwiz::util)   FeatureSequenced (pwiz::eharmony)   NormalDistributionSearch (pwiz::eharmony)   ReaderFail (pwiz::proteome)   SpectrumList_Waters (pwiz::msdata::detail)   
CharIndexedVectorIterator (pwiz::util)   Fifth   NumberOfMS2IDs (pwiz::eharmony)   ReaderFail (pwiz::msdata)   SpectrumList_ZeroSamplesFilter (pwiz::analysis)   
Chromatogram (pwiz::msdata)   FifthHandler   
  O  
ReaderList (pwiz::identdata)   SpectrumListBase (pwiz::msdata)   
ChromatogramDataFilter (pwiz::analysis)   FileContent (pwiz::msdata)   ReaderList (pwiz::proteome)   SpectrumListCache (pwiz::msdata)   
ChromatogramIdentity (pwiz::msdata)   FileDescription (pwiz::msdata)   OBO (pwiz::data)   ReaderList (pwiz::msdata)   SpectrumListFactory (pwiz::analysis)   
ChromatogramList (pwiz::msdata)   FileInformationMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   Observation (pwiz::eharmony)   ReaderList (pwiz::tradata)   SpectrumListSimple (pwiz::msdata)   
ChromatogramList_ABI (pwiz::msdata::detail)   FileInformationMZ5Data (pwiz::msdata::mz5)   once_flag_proxy (pwiz::util)   PepxmlRecordReader::record (pwiz::analysis)   SpectrumListWrapper (pwiz::msdata)   
ChromatogramList_Agilent (pwiz::msdata::detail)   Filter (pwiz::identdata)   OneMinusAbs   IPIFASTADatabase::Record (pwiz::proteome)   SpectrumMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   
ChromatogramList_Bruker (pwiz::msdata::detail)   FilterWrapper   OrderedPair (pwiz::math)   Record (pwiz::chemistry::Element::Info)   SpectrumQuery (pwiz::data::pepxml)   
ChromatogramList_mz5 (pwiz::msdata)   First   OrderedPairContainerRef (pwiz::math)   Record (pwiz::proteome::AminoAcid::Info)   RegionAnalyzer::SpectrumStats (pwiz::analysis)   
ChromatogramList_mzML (pwiz::msdata)   FirstHandler   Organization (pwiz::identdata)   PeptideID::Record (pwiz::peptideid)   SpectrumTable (pwiz::analysis)   
ChromatogramList_SavitzkyGolaySmoother (pwiz::analysis)   FlatRecordBuilder (pwiz::peptideid)   organization_p (pwiz::identdata)   MSIHandler::Record (pwiz::utility)   SplineWarpFunction (pwiz::eharmony)   
ChromatogramList_Thermo (pwiz::msdata::detail)   Formula (pwiz::chemistry)   XMLWriter::OutputObserver (pwiz::minimxml)   ReferenceRead_mz5 (pwiz::msdata::mz5)   CalibratorTrial::State (pwiz::calibration)   
ChromatogramList_Waters (pwiz::msdata::detail)   FragmentArray (pwiz::identdata)   
  P  
ReferenceWrite_mz5 (pwiz::msdata::mz5)   Stats (pwiz::math)   
ChromatogramListBase (pwiz::msdata)   Fragmentation (pwiz::proteome)   RefListMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   RegionAnalyzer::Stats (pwiz::analysis)   
ChromatogramListSimple (pwiz::msdata)   FrequencyData (pwiz::data)   MassSpread::Pair (pwiz::calibration)   RefListMZ5Data (pwiz::msdata::mz5)   Handler::Status (pwiz::minimxml::SAXParser)   
ChromatogramListWrapper (pwiz::analysis)   FrequencyEstimator (pwiz::frequency)   Parabola (pwiz::math)   RefMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   StringMatchCVMap (pwiz::identdata)   
ChromatogramMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   FrequencyEstimatorPhysicalModel (pwiz::frequency)   ParamContainer (pwiz::data)   RefMZ5Data (pwiz::msdata::mz5)   SubstitutionModification (pwiz::identdata)   
ClickwrapPrompter (pwiz::util)   FrequencyEstimatorSimple (pwiz::frequency)   Parameter (pwiz::data::pepxml)   RegexCVMap (pwiz::identdata)   
  T  
Image::Color (pwiz::util)   FTSieve   Software::Parameter (pwiz::data::peakdata)   RegionAnalyzer (pwiz::analysis)   
COMInitializer (pwiz::util)   
  G  
ParameterEstimator (pwiz::frequency)   RegionSIC (pwiz::analysis)   TabHandler (pwiz::utility)   
Component (pwiz::msdata)   ParametrizedCosine   RegionSlice (pwiz::analysis)   TabReader (pwiz::utility)   
ComponentList (pwiz::msdata)   IslandizedDatabase::Gaussian (pwiz::eharmony)   ParametrizedDerivativeSlice (pwiz::frequency::DerivativeTest)   RegionTIC (pwiz::analysis)   TabularConfig (pwiz::analysis)   
ComponentListMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   glob_t   ParametrizedFunction (pwiz::frequency)   Residue (pwiz::identdata)   Target (pwiz::tradata)   
ComponentMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   Goober   ParametrizedFunctionSlice (pwiz::frequency::DerivativeTest)   CalibratorTrial::Results (pwiz::calibration)   Target (pwiz::msdata)   
ComponentsMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   
  H  
ParamGroup (pwiz::data)   RetentionTime (pwiz::tradata)   TargetList (pwiz::tradata)   
Compound (pwiz::tradata)   ParamGroupMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   RocDataPoint (pwiz::data::pepxml)   Term (pwiz::data)   
PepxmlRecordReader::Config (pwiz::analysis)   HammingDistance (pwiz::eharmony)   ParamListMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   Root   TestAminoAcid   
MSDataCache::Config (pwiz::analysis)   Handler (pwiz::minimxml::SAXParser)   ParamListMZ5Data (pwiz::msdata::mz5)   RootHandler   TestChargeStateCalculator   
Serializer_Text::Config (pwiz::identdata)   HandlerFeature (pwiz::data::peakdata)   ParamListsMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   RTDiffDistribution (pwiz::eharmony)   TestData   
Serializer_protXML::Config (pwiz::identdata)   HandlerPeak (pwiz::data::peakdata)   Path (pwiz::msaux)   RTMatches_Any (pwiz::analysis)   TestDatum   
Serializer_pepXML::Config (pwiz::identdata)   HandlerPeakel (pwiz::data::peakdata)   Peak (pwiz::analysis)   RTMatches_Contains (pwiz::analysis)   TestDeisotoper   
Serializer_mzIdentML::Config (pwiz::identdata)   HasBinaryDataPredicate   Peak (pwiz::data::peakdata)   RTMatches_IsContainedIn (pwiz::analysis)   TestETDMassFilter   
Reader2::Config   HasID (pwiz::data::diff_impl)   PeakData (pwiz::data::peakdata)   Run (pwiz::msdata)   TestFormula   
Reader1::Config   
  I  
PeakDetector (pwiz::frequency)   RunHeaderStruct   TestFragmentation   
Reader::Config (pwiz::identdata)   PeakDetector (pwiz::analysis)   RunMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   TestInfo   
PeakDetectorMatchedFilter::Config (pwiz::frequency)   id_p (pwiz::identdata)   PeakDetectorMatchedFilter (pwiz::frequency)   RunSummary (pwiz::analysis)   TestIterationListener   
FrequencyEstimatorPhysicalModel::Config (pwiz::frequency)   IdentData (pwiz::identdata)   PeakDetectorNaive (pwiz::frequency)   
  S  
TestIterationListener_WithCancel   
XMLWriter::Config (pwiz::minimxml)   IdentDataFile (pwiz::identdata)   Peakel (pwiz::data::peakdata)   TestListener   
IsotopeEnvelopeEstimator::Config (pwiz::chemistry)   Identifiable (pwiz::identdata)   PeakelGrower (pwiz::analysis)   Same (pwiz::data::diff_impl)   TestMetadataFixer   
Serializer_FASTA::Config (pwiz::proteome)   IdentifiableParamContainer (pwiz::identdata)   PeakelGrower_Proximity (pwiz::analysis)   SameDeep (pwiz::data::diff_impl)   TestModification   
Reader_FASTA::Config (pwiz::proteome)   Image (pwiz::util)   PeakelPicker (pwiz::analysis)   Sample (pwiz::identdata)   TestModifiedPeptide   
Digestion::Config (pwiz::proteome)   Index (pwiz::data)   PeakelPicker_Basic (pwiz::analysis)   Sample (pwiz::msdata)   TestMS2Denoise   
PrecursorRecalculatorDefault::Config (pwiz::analysis)   Index_mzML (pwiz::msdata)   PeakExtractor (pwiz::analysis)   SampleDatum (pwiz::data)   TestOperator   
PrecursorMassFilter::Config (pwiz::analysis)   SpectrumList_mzXML::index_not_found (pwiz::msdata)   PeakFamily (pwiz::data::peakdata)   SampledData (pwiz::math::MatchedFilter)   TestOutputObserver   
MS2NoiseFilter::Config (pwiz::analysis)   IndexList (pwiz::proteome)   PeakFamilyDetector (pwiz::analysis)   SampleEnzyme (pwiz::data::pepxml)   TestPair   
SpectrumIterator::Config (pwiz::msdata)   IndexList (pwiz::msdata)   PeakFamilyDetectorFT (pwiz::analysis)   SampleMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   TestPathmask   
Serializer_mzXML::Config (pwiz::msdata)   Inputs (pwiz::identdata)   PeakFinder (pwiz::analysis)   SavitzkyGolaySmoother (pwiz::analysis)   TestPathPredicate (pwiz::util)   
MS2Deisotoper::Config (pwiz::analysis)   Instrument (pwiz::tradata)   PeakFinder_SNR (pwiz::analysis)   saxstring (pwiz::minimxml::SAXParser)   TestPeptide   
Serializer_mzML::Config (pwiz::msdata)   InstrumentConfiguration (pwiz::msdata)   PeakFitter (pwiz::analysis)   Scan (pwiz::msdata)   TestReader   
Reader::Config (pwiz::msdata)   InstrumentConfigurationMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   PeakFitter_Parabola (pwiz::analysis)   Scan (pwiz::data::peakdata)   TestSpectrumInfo   
PeakFitter_Parabola::Config (pwiz::analysis)   InstrumentStruct   Pep2MzIdent (pwiz::identdata)   ScanCacheStruct   TestThresholder   
PeakFinder_SNR::Config (pwiz::analysis)   IntegerSet (pwiz::util)   Peptide (pwiz::identdata)   ScanHeaderStruct   TextWriter (pwiz::proteome)   
PeakFamilyDetectorFT::Config (pwiz::analysis)   Interpretation (pwiz::tradata)   Peptide (pwiz::tradata)   ScanList (pwiz::msdata)   TextWriter (pwiz::tradata)   
PeakelPicker_Basic::Config (pwiz::analysis)   IntegerSet::Interval (pwiz::util)   Peptide (pwiz::proteome)   ScanListMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   TextWriter (pwiz::msdata)   
PeakelGrower_Proximity::Config (pwiz::analysis)   IonType (pwiz::identdata)   PeptideDatabase (pwiz::proteome)   ScanMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   TextWriter (pwiz::identdata)   
NoiseCalculator_2Pass::Config (pwiz::analysis)   IPIFASTADatabase (pwiz::proteome)   PeptideDatabaseFormula (pwiz::proteome)   ScanSettingMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   ThreadStatus   
FeatureDetectorPeakel::Config (pwiz::analysis)   Is_T2D_Directory   PeptideDatabaseRecord (pwiz::proteome)   ScanSettings (pwiz::msdata)   ThresholdFilter (pwiz::analysis)   
SpectrumTable::Config (pwiz::analysis)   IsDirectory   PeptideEntry (pwiz::eharmony)   ScansMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   TimeIntensityPair (pwiz::msdata)   
BinaryDataEncoder::Config (pwiz::msdata)   IsFS   PeptideEvidence (pwiz::identdata)   ScanWindow (pwiz::msdata)   Timer (pwiz::util)   
SpectrumBinaryData::Config (pwiz::analysis)   IsInt   PeptideHypothesis (pwiz::identdata)   PeakDetectorMatchedFilter::Score (pwiz::frequency)   TraData (pwiz::tradata)   
RunSummary::Config (pwiz::analysis)   IslandizedDatabase::Island (pwiz::eharmony)   PeptideID (pwiz::peptideid)   SearchDatabase (pwiz::identdata)   TraDataFile (pwiz::tradata)   
RegionTIC::Config (pwiz::analysis)   IslandizedDatabase (pwiz::eharmony)   PeptideID_dataFetcher (pwiz::eharmony)   SearchDatabase (pwiz::data::pepxml)   Transition (pwiz::tradata)   
RegionSlice::Config (pwiz::analysis)   IsObject (pwiz)   PeptideID_flat (pwiz::peptideid)   SearchHit (pwiz::data::pepxml)   TranslationTable (pwiz::identdata)   
RegionSIC::Config (pwiz::analysis)   IsolationWindow (pwiz::msdata)   PeptideID_pepXml (pwiz::peptideid)   SearchModification (pwiz::identdata)   Translator_mz5 (pwiz::msdata::mz5)   
RegionAnalyzer::Config (pwiz::analysis)   Isotope (pwiz::chemistry::detail)   PeptideIDMap (pwiz::peptideid)   SearchNeighborhoodCalculator (pwiz::eharmony)   TruncatedLorentzian (pwiz::frequency)   
Pseudo2DGel::Config (pwiz::analysis)   IsotopeCalculator (pwiz::chemistry)   PeptideMatcher (pwiz::eharmony)   SearchResult (pwiz::data::pepxml)   TruncatedLorentzianEstimator (pwiz::frequency)   
Configuration (pwiz::tradata)   IsotopeEnvelopeEstimator (pwiz::chemistry)   PeptideProphetResult (pwiz::data::pepxml)   SearchScore (pwiz::data::pepxml)   TruncatedLorentzianParameters (pwiz::frequency)   
CalibratorTrial::Configuration (pwiz::calibration)   IsotopeTable (pwiz::chemistry)   PeptideProphetSummary (pwiz::data::pepxml)   SearchSummary (pwiz::data::pepxml)   
  U  
Configuration_mz5 (pwiz::msdata::mz5)   IsRawData   PepxmlRecordReader (pwiz::analysis)   Second   
Connection_mz5 (pwiz::msdata::mz5)   IsRawFile   PepXMLSpecificity (pwiz::identdata)   SecondHandler   IterationListener::UpdateMessage (pwiz::util)   
Digestion::const_iterator (pwiz::proteome)   IsSQ   Person (pwiz::identdata)   SecondIs (pwiz)   usage_exception (pwiz::util)   
Contact (pwiz::identdata)   IsWiffFile   person_p (pwiz::identdata)   SelectedIndexPredicate   user_error (pwiz::util)   
Contact (pwiz::tradata)   IterationListener (pwiz::util)   PiecewiseLinearWarpFunction (pwiz::eharmony)   SelectedIon (pwiz::msdata)   UserParam (pwiz::data)   
Contact (pwiz::msdata)   IterationListenerRegistry (pwiz::util)   Image::Point (pwiz::util)   seq_p (pwiz::identdata)   UserParamMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   
ContactRole (pwiz::identdata)   IntegerSet::Iterator (pwiz::util)   PointsToSame   sequence_p (pwiz::identdata)   UserParamMZ5Data (pwiz::msdata::mz5)   
ContVocabMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   PeptideID::Iterator (pwiz::peptideid)   Precursor (pwiz::tradata)   SequenceCollection (pwiz::identdata)   
  V  
ContVocabMZ5Data (pwiz::msdata::mz5)   PeptideID::IteratorInternal (pwiz::peptideid)   Precursor (pwiz::msdata)   Serializer_FASTA (pwiz::proteome)   
Correlation (pwiz::math::MatchedFilter)   
  K  
SpectrumList_PrecursorRefine::PrecursorInfo (pwiz::analysis)   Serializer_MGF (pwiz::msdata)   Validation (pwiz::tradata)   
CSHA1   PrecursorRecalculator::PrecursorInfo (pwiz::analysis)   Serializer_MSn (pwiz::msdata)   VectorFunction (pwiz::frequency::DerivativeTest)   
CustomPair   KernelTraits (pwiz::math::MatchedFilter)   SpectrumInfo::PrecursorInfo (pwiz::msdata)   Serializer_mz5 (pwiz::msdata)   VectorTabHandler (pwiz::utility)   
CV (pwiz::cv)   KernelTraitsBase (pwiz::math::MatchedFilter)   PrecursorListMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   Serializer_mzIdentML (pwiz::identdata)   Version (pwiz::analysis)   
CVIDMatchCVMap (pwiz::identdata)   KernelTraitsBase< Y(*)(X)> (pwiz::math::MatchedFilter)   PrecursorMassFilter (pwiz::analysis)   Serializer_mzML (pwiz::msdata)   Version (pwiz::identdata)   
CVMap (pwiz::identdata)   KeyLessThan (pwiz::eharmony)   PrecursorMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   Serializer_mzXML (pwiz::msdata)   Version (pwiz::proteome)   
CVParam (pwiz::data)   
  L  
PrecursorRecalculator (pwiz::analysis)   Serializer_pepXML (pwiz::identdata)   Version (pwiz::tradata)   
CVParamIs (pwiz::data)   PrecursorRecalculatorDefault (pwiz::analysis)   Serializer_protXML (pwiz::identdata)   Version (pwiz::msdata)   
CVParamIsChildOf (pwiz::data)   LeastSquaresCalibrator (pwiz::calibration)   SpectrumList_Sorter::Predicate (pwiz::analysis)   Serializer_Text (pwiz::identdata)   Version (pwiz)   
CVParamMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   LegacyAdapter_Instrument (pwiz::msdata)   SpectrumList_Filter::Predicate (pwiz::analysis)   Serializer_traML (pwiz::tradata)   virtual_map (pwiz::util)   
CVParamMZ5Data (pwiz::msdata::mz5)   LegacyAdapter_Software (pwiz::msdata)   ProteinList_Filter::Predicate (pwiz::analysis)   SetRetentionTime   
  W  
CVRefMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   LinearLeastSquares< LinearLeastSquaresType_LU > (pwiz::math)   ProteinList_DecoyGenerator::Predicate (pwiz::analysis)   SHA1_ostream (pwiz::util)   
CVRefMZ5Data (pwiz::msdata::mz5)   LinearLeastSquares< LinearLeastSquaresType_QR > (pwiz::math)   Prediction (pwiz::tradata)   SHA1_WORKSPACE_BLOCK   WarpFunction (pwiz::eharmony)   
CVTermInfo (pwiz::cv)   LinearSolver< LinearSolverType_LU > (pwiz::math)   PrintAttribute   SHA1Calculator (pwiz::util)   WeightedHammingDistance (pwiz::eharmony)   
CVTranslator (pwiz::data)   LinearSolver< LinearSolverType_QR > (pwiz::math)   PrintEventHandler   SHA1Filter (pwiz::util)   WhittakerSmoother (pwiz::analysis)   
  D  
LinearWarpFunction (pwiz::eharmony)   ProcessingMethod (pwiz::msdata)   SHA1OutputObserver (pwiz::msdata)   IdentDataFile::WriteConfig (pwiz::identdata)   
LocalMaximumPeakDetector (pwiz::analysis)   ProcessingMethodListMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   SHA1SymmetricFilter (pwiz::util)   TraDataFile::WriteConfig (pwiz::tradata)   
DatabaseQuery (pwiz::eharmony)   PeptideID::Location (pwiz::peptideid)   ProcessingMethodMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   shared_map (pwiz::util)   ProteomeDataFile::WriteConfig (pwiz::proteome)   
DatabaseTranslation (pwiz::identdata)   location_less (pwiz::peptideid)   Product (pwiz::tradata)   SpectrumIterator::Sieve (pwiz::msdata)   MSDataFile::WriteConfig (pwiz::msdata)   
DataCollection (pwiz::identdata)   LU   Product (pwiz::msdata)   Simple   WriteCVParam   
DataFetcherContainer (pwiz::eharmony)   
  M  
ProductSpace (pwiz::math::MatchedFilter)   SimpleAnalyzer   
  X  
DataFilter (pwiz::data::pepxml)   MSDataAnalyzerDriver::ProgressCallback (pwiz::analysis)   SimpleProgressCallback   
MSDataAnalyzer::DataInfo (pwiz::analysis)   MagnitudeLorentzian (pwiz::frequency)   Protein (pwiz::tradata)   Smoother (pwiz::analysis)   XMLWriter (pwiz::minimxml)   
DataProcessing (pwiz::msdata)   MascotReader (pwiz::identdata)   Protein (pwiz::proteome)   Software (pwiz::tradata)   
  Z  
DataProcessingMZ5 (pwiz::msdata::mz5)   MassAbundance (pwiz::chemistry)   ProteinAmbiguityGroup (pwiz::identdata)   Software (pwiz::msdata)   
DatasetDerivation (pwiz::data::pepxml)   MassDatabase (pwiz::calibration)   ProteinDetection (pwiz::identdata)   Software (pwiz::data::peakdata)   ZeroSampleFiller (pwiz::analysis)   
A | B | C | D | E | F | G | H | I | K | L | M | N | O | P | Q | R | S | T | U | V | W | X | Z